meeting

Meeting in Paris, 2019, October the 3rd

Meeting du 3 octobre 2019 Présents Laurent Modolo, Franck Picard, Claire Gayral, Joon Kwon, Anthony Ozier-Lafontaine, Julien Chiquet, Stéphane Robin, Aymeric Stamm, Olivier Gandrillon, Filipo Santambrogio, Jean-Baptiste Alberge, François ? Franck: RKHS and Maximum Mean Discrepancy Franck donne quelques éléments sur les RKHS et le MMD (Gretton et al. (2012)) Anthony: VAE Présentation de Anthony sur les méthodes variationnelles et les Varitional Auto-Encoders. Julien: t-SNE probabiliste Revue sur les motivations et origine de SNE (Hinton and Roweis (2003)) et t-SNE (Maaten and Hinton (2008)) Revue des Gaussian process latent variable models comme piste de version formulation probabiliste de t-SNE (Titsias and Lawrence (2010), Damianou, Titsias, and Lawrence (2016), Lawrence (2005)) Remarques Franck: voir les versions probabilistes de la Kernel MDS pour faire le lien avec (t)-SNE Aymeric, Olivier, Laurent: cf.

Meeting in Lyon, 2019, July the 1st

Présents Thibault Espinasse, Olivier Gandrillon, Aymeric Stamm, Vincent Calvez, Thomas Lepoutre, Elias Ventre, Alice Cleynenne, Jean-Philippe Vert, Clément Bénesse, Claire Gayral, Anthony Ozier-Lafontaine, Jean-Baptiste Albert, Angelina Roche, Laure Sansonnet, Bertrand Michel, Franck Picard, Julien Chiquet, Laurent Modolo, Joon Kwon Points Workshop à venir (en particulier Probabilistic Modeling In Genomics) Question sur le partage de bonnes pratiques et sur la mise en commun de logiciels Matrice aléatoire et cellules uniques Thomas présente le papier de Aparicio et al.

Meeting in Paris, 2019, April the 8th

Meeting du 8 avril 2019 Présents Bertrand Michel, Félix Raimundo, Jean-Philippe Vert, Laurent Modolo, Franck Picard, Philippe Veber, Clément Bénesse, Claire Gayral, Yoann de Castro, Thomas Lepoutre, Joon Kwon, Anthony Ozier-Lafontaine, Julien Chiquet, Elias Ventre, Stéphane Robin, Aymeric Stamm, Olivier Gandrillon, Filipo Santambrogio RNA Velocity in single cells Présentation de Philippe sur http://velocyto.org/, et l’article de La Manno et al. (2018). Contexte Une question récurrente est l’inférence de trajectoire (parcours des cellules entre différents états).

Meeting in Lyon, 2019, February the 2nd

Meeting du 2 février 2019 Statistics for Single-cell data analysis Présentation générale de Franck sur l’analyse de données single-cell. Introduction au Single-Cell Enjeux du single-cell données de haut-débit en biologie cellulaire (en complément du haut-débit en biologie moléculaire) jusqu’à présent, on avait accès à la diversité de forme, de location, de fonction accès à la description moléculaire de la variabilité de la cellule, donc des tissus \(\rightsquigarrow\) accès à de multiples technologies de la biologie moléculaire au niveau single-cell.